A transmissão da hanseníase é feita a partir de um bacilo chamado Mycobacterium leprae, um parasita intracelular que apresenta afinidade por células cutâneas e por células dos nervos periféricos.
Os pacientes de hanseníase sem tratamento eliminam os bacilos através do aparelho respiratório superior (secreções nasais, gotículas da fala, tosse, espirro). O paciente em tratamento regular ou que já recebeu alta não transmite. A maioria das pessoas que entram em contato com estes bacilos não desenvolvem a hanseníase. Somente um pequeno percentual, em torno de 5% de pessoas, adoecem. Fatores ligados à genética humana são responsáveis pela resistência (não adoecem) ou suscetibilidade (adoecem). O período de incubação da hanseníase é bastante longo, variando de três a cinco anos.